企業旗底色為蔚藍色，象征藍色海洋；三道水線象征黑龍江、松花江和烏蘇里江三江水域；三道水線將藍色旗面分為四塊，象征四海；中心為紅色企業徽標志，象征龍航集團這艘巨輪在三江四海馳騁；旗面整體象征黑龍江航運業勇于開拓，大膽創新，對未來發展的美好憧憬。